Нов алгоритъм разкрива критични грешки в хиляди изследвания на РНК

Изследователи от Детската изследователска болница „Сейнт Джуд“ в Мемфис са разработили алгоритмичен инструмент, наречен ReDeconv, който помага на учените да анализират по-задълбочено транскриптомните данни, като елиминира грешките в традиционните методи за обработка на РНК.

Съвременните технологии за секвениране на РНК, като например насипната и едноклетъчната секвенция позволяват генната експресия да се изследва на детайлно ниво. Изчислителните методи, използвани за техния анализ обаче често опростяват обработката на данните, пропускайки важни биологични нюанси. Това може да доведе до подвеждащи резултати, особено при сравняване на различни клетъчни типове.

Системата ReDeconv, описана в Nature Communications елиминира ключови изчислителни грешки, като отчита разликите в размера на транскриптома. Например, броят на експресираните гени варира в различните клетки: червените кръвни клетки се фокусират почти изцяло върху синтеза на хемоглобин, докато стволовите клетки експресират хиляди гени. Традиционните алгоритми често не отчитат тези разлики, което води до неправилно тълкуване на данните.

„ReDeconv ни позволява да вземем предвид размера на транскриптома, което значително подобрява точността на RNA-seq анализа.“

обяснява авторът на изследването Джиян Ю, изпълняващ длъжността ръководител на катедрата по изчислителна биология в болница „Сейнт Джуд“

Използването на ReDeconv позволява по-точно идентифициране на клетъчните типове в пробата и намалява грешките, произтичащи от разликите в общата генна експресия и дължината на гените. Според първия автор на статията, Сонгджан Лу, новата техника подобрява точността на нормализиране на данните и разкрива допълнителни слоеве информация, които преди това може да са останали незабелязани.